呼吸ケアはSMAにおいて非常に重要です。
呼吸筋の筋力低下は、呼吸や咳（せき）を妨げ、感染症のリスクを高めます。
呼吸ケアには、非侵襲的（ひしんしゅうてき）ケアと侵襲的（しんしゅうてき）ケアがあります。

非侵襲的ケア：
侵襲的ケアへの移行を遅らせるものです。二相性陽圧換気（にそうせいようあつかんき）（BIPAP）装置などの専用装置は、口や鼻を覆（おお）うマスクから肺に気流を送り込むことができます。痰（たん）などの分泌物の吸引は重要です。咳や分泌物排出を介助する器械を、自宅で使用することもできます。
侵襲的ケア：
気管内チューブを口から挿入するか［挿管（そうかん）］、または頸部（けいぶ）から直接気管に小切開（気管切開）を行うことによって、肺への気道を確保することです。分泌物の吸引も可能です。永続的な人工呼吸管理には、気管切開を行います。在宅でも人工呼吸管理を行うこともできます。

脊柱側弯症（せきちゅうそくわんしょう）（背骨の弯曲）は体幹の筋力低下によっておこるもので、SMAのある子どもではよくおこる問題です。
整形外科医は、姿勢サポート（装具）または手術を勧める場合があります。

SMAのある子どもは、呼吸のみならず、噛（か）んだり飲み込んだりする力が弱くなることがあります。すると、食べ物や飲み物が誤って肺にはいり、誤嚥性（ごえんせい）の呼吸器感染症がおこるリスクが生じます。必要な栄養や水分をとるために、一時的または長期的に栄養チューブを胃や腸にいれることも選択できます。
栄養チューブには一般に2タイプ（経鼻チューブと胃ろうチューブ）があります。

経鼻チューブ（NG）：
鼻から挿入して、直接胃に栄養を送ります。一般に、栄養チューブを必要とする期間が短い子どもに使用します。簡単に交換できます。
胃ろうチューブ（G）：
手術により腹部の皮膚を通して直接胃にチューブを挿入します。メンテナンスは比較的簡単で、長期にわたって栄養サポートを必要とする子どもの選択肢となります。

SMAのある子どもは、体を動かすための筋力が弱すぎて、そのままにすると筋肉や関節の動きの制限［筋拘縮（きんこうしゅく）、関節拘縮（かんせつこうしゅく）］がおこり、体を動かしにくくなる可能性があります。
理学療法では、柔軟性や全般的な運動機能の改善に役立つ運動療法を行います。骨強度の向上や、股関節や膝関節、足関節の柔軟性を維持するために立位器具（りついきぐ）を自宅で使用することもあります。

SMAの薬物療法としては、SMNタンパク質を増やす薬が2017年以降複数登場しています。